हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, जिनके समावेश ने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से महत्वपूर्ण प्लॉट पॉइंट या गेमप्ले लापता हो सकता है। रचनात्मक निर्देशक जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए:
"मेरे प्लेथ्रू में नियमित रूप से पात्रों के बीच स्विच करना शामिल था। मैं एक के रूप में 3-5 घंटे खेलता हूं, फिर 2-3 घंटे के लिए दूसरे पर स्विच करता हूं।"
ड्यूमॉन्ट ने स्पष्ट किया कि जबकि प्रत्येक चरित्र अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, कोर कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र को प्राथमिकता देने के लिए प्रोत्साहित करता है:
"आप बहुत कुछ याद नहीं करेंगे। यह पूरी तरह से आपके प्लेस्टाइल पर निर्भर है। यह देखने के साथ प्रयोग करें कि खेल आपके चरित्र चयन में कैसे समायोजित होता है। प्रत्येक नायक का अपना परिचय और समर्पित quests है, लेकिन समग्र अनुभव लचीला रहता है। आपका पसंदीदा चुनें, और कहानी समायोजित करेगी।"