Assassin Creed Shadows đánh dấu phần mới nhất trong loạt Creed Assassin nổi tiếng, được thiết lập duy nhất trong thời kỳ phong kiến Nhật Bản, nơi đặt nó tập trung trong dòng thời gian lịch sử rộng lớn của loạt phim. Câu chuyện Assassin Creed không mở ra theo thời gian; Thay vào đó, mỗi trò chơi nhảy vọt qua các thời đại khác nhau, khám phá các sự kiện lịch sử then chốt, từ Chiến tranh Peloponnesian ở Hy Lạp cổ đại đến bờ vực của Thế chiến thứ nhất.
Với 14 trò chơi chính và đếm, dòng thời gian của loạt phim ngày càng phức tạp. Để làm sáng tỏ sự phức tạp này, IGN đã phân tích tỉ mỉ truyền thuyết để tạo ra một dòng thời gian toàn diện để tổ chức các sự kiện của loạt theo thứ tự thời gian. Dòng thời gian này bao gồm tất cả những khoảnh khắc quan trọng trong vũ trụ Assassin Creed.
Trước khi đi sâu vào dòng thời gian, điều cần thiết là phải hiểu một số truyền thuyết nền tảng. Rất lâu trước khi ghi lại lịch sử, một nền văn minh rất tiên tiến được gọi là ISU chi phối trái đất. Những sinh vật giống như Thiên Chúa này đã tạo ra con người như những người hầu của họ, kiểm soát chúng bằng những cổ vật mạnh mẽ được gọi là Táo của Eden. Tuy nhiên, con người, do Eve và Adam dẫn đầu, đã nổi loạn chống lại sự nô lệ của họ bằng cách đánh cắp một quả táo của Eden, gây ra một cuộc chiến tranh cách mạng.
Cuộc xung đột giữa ISU và con người kéo dài một thập kỷ cho đến khi một ngọn lửa mặt trời thảm khốc xảy ra trên trái đất, tiêu diệt ISU. Nhân loại, mặc dù bị suy tàn, sống sót và thừa hưởng trái đất.
Giữa cuộc chiến Peloponnesian ở Hy Lạp, lính đánh thuê Kassandra đã phát hiện ra sự sùng bái Kosmos, một nhóm bí mật thao túng cuộc xung đột. Trong số các cấp bậc của nó có anh trai Alexios, người bị giáo phái bắt cóc khi còn nhỏ và biến thành một vũ khí đáng gờm. Kassandra biết rằng giáo phái nhắm vào Alexios vì dòng dõi của ông đến Vua Spartan huyền thoại Leonidas, một hậu duệ trực tiếp của ISU.
Kassandra bắt đầu một nhiệm vụ ngăn chặn kế hoạch của giáo phái để thống trị Hy Lạp, phát hiện ra việc sử dụng thiết bị ISU của họ để dự đoán các sự kiện trong tương lai và kiểm soát chiến tranh. Cô loại bỏ các thành viên sùng bái quan trọng và phá hủy thiết bị, chấm dứt cuộc xung đột. Trong cuộc hành trình của mình, Kassandra tái hợp với cha mình, Pythagoras, một hậu duệ khác của ISU, người giao cho cô nhân viên của Hermes, ban cho sự bất tử và yêu cầu cô bảo vệ Atlantis vĩnh cửu.
Trong triều đại của Cleopatra ở Ai Cập, trật tự của người xưa, một tổ chức bóng tối khác liên quan đến giáo phái Kosmos, bắt cóc người giữ gìn Bayek và con trai của ông, tin rằng dòng máu của Bayek có thể mở khóa một kho tiền ISU. Đáng thương thay, Bayek đã vô tình giết chết con trai mình trong một nỗ lực trốn thoát, thúc đẩy anh ta tìm cách báo thù.
Bayek và vợ Aya tháo dỡ trật tự, điều khiển Ai Cập qua con rối Pharaoh, Ptolemy, và bằng cách tranh thủ Cleopatra và Julius Caesar. Họ biết rằng tham vọng của trật tự mở rộng toàn cầu, nhằm mục đích kiểm soát chính trị và tôn giáo bằng cách sử dụng táo của Eden. Để chống lại mối đe dọa này, Bayek và Aya đã tìm thấy những người ẩn giấu, một xã hội bí mật của các gián điệp và sát thủ hoạt động từ Ai Cập và Rome.
Đến năm 861, những người ẩn giấu đã thành lập các thành trì trên toàn thế giới, bao gồm cả Alamut ở Iran. Tại đây, Basim, một cựu tên trộm đường phố từ Baghdad, đào tạo như một kẻ ám sát và điều tra lệnh của các hoạt động của người xưa trong thành phố của anh ta. Anh ta phát hiện ra kế hoạch của họ để truy cập vào một ngôi đền ISU bên dưới Alamut và giúp đẩy lùi cuộc tấn công của họ.
Bên trong ngôi đền, Basim phát hiện ra một nhà tù từng giam giữ Loki, một ISU giờ được tôn kính như một vị thần Bắc Âu. Anh ta biết rằng anh ta là tái sinh của Loki và thề sẽ trả thù tù nhân trong quá khứ của anh ta.
Một thập kỷ sau, Basim đi cùng một gia tộc Viking đến Anh, tìm kiếm các thành viên của trật tự của người xưa. Các nhà lãnh đạo của gia tộc, Sigurd và Eivor, nhằm mục đích thiết lập sự định cư của họ, Ravensthorpe và đồng minh với các cộng đồng địa phương chống lại Vua Alfred, một thành viên trật tự thúc đẩy một chế độ Kitô giáo.
Sau khi khám phá ra một cổ vật ISU, Sigurd trải nghiệm tầm nhìn cho thấy anh ta là một vị thần. Basim tiết lộ rằng Eivor và Sigurd là những tái sinh của Odin và Týr, người Isu bị giam cầm Loki. Anh ta tấn công họ để trả thù chính xác, nhưng Eivor bẫy basim trong một thế giới mô phỏng được tạo ra bởi một máy tính ISU giống như cây yggdrasil. Bị chấn thương, Sigurd từ bỏ sự lãnh đạo của Eivor, người trở về Anh để đánh bại Vua Alfred trong Trận chiến Chippenham và được tổ chức như một anh hùng ở Ravensthorpe.
Trong ba thế kỷ tiếp theo, những người ẩn giấu tiến hóa thành Assassin Brotherhood, trong khi những kẻ thù của họ, trật tự của người xưa, biến thành Hiệp sĩ Templar. Mặc dù có cấu trúc mới của họ, mục tiêu của Templar vẫn giữ nguyên: để thiết lập một trật tự thế giới mới.
Trong cuộc Thập tự chinh thứ ba, Assassin Altaïr Ibn-La'ahad làm việc với Brotherhood ở Thánh địa để đánh cắp một quả táo của Eden từ Templar. Sau khi một hành vi trộm cắp thành công bị hủy hoại bởi sự kiêu ngạo và cái chết của một kẻ ám sát đồng nghiệp, Altaïr được giao nhiệm vụ ám sát chín nhà lãnh đạo Templar để chuộc lỗi vì sai lầm của mình.
Khi hoàn thành nhiệm vụ của mình, Altaïr đã phát hiện ra âm mưu của Templars để sử dụng sức mạnh của Apple. Anh ta cũng biết rằng người lãnh đạo của họ, Al Mualim, đã phản bội họ để chiếm lấy quả táo cho chính mình, có ý định áp đặt "hòa bình" thông qua vũ lực. Altaïr giết Al Mualim và đảm nhận sự lãnh đạo của tình huynh đệ.
Trong thời kỳ Phục hưng của Ý, Ezio Auditore Da Firenze tham gia với Assassin Brotherhood để trả thù cho cha và anh em của mình, bị giết bởi Templar. Được trang bị các thiết bị và đổi mới của cha mình từ Leonardo da Vinci, Ezio chiến đấu với gia đình Borgia liên kết Templar.
Nhiệm vụ của anh ta dẫn anh ta đến một quả táo của Eden, tiết lộ một kho tiền ISU bên dưới Vatican. Các Templar, nhận thức được bí mật này, đã làm cho Rodrigo Borgia Pope để truy cập vào hầm. Ezio đối đầu với Borgia và sau khi đánh bại anh ta, đi vào kho tiền để gặp Isu Minerva, người cảnh báo về một ngày tận thế sắp xảy ra vào năm 2012. Cô cho rằng một mạng lưới các kho tiền ISU có thể là sự cứu rỗi của loài người.
Mặc dù Ezio Spares Borgia sau cuộc đối đầu của họ, Quân đội của Giáo hoàng đã trả đũa bằng cách bao vây biệt thự của Ezio và đánh cắp quả táo của Eden. Đáp lại, Ezio củng cố tình huynh đệ sát thủ suy yếu, trở thành thủ lĩnh của Cục Ý. Các sát thủ đã tháo dỡ chế độ Borgia ở Rome, đòi lại quả táo và bảo vệ nó trong một kho tiền ISU bên dưới Colosseum.
Tìm kiếm thêm kiến thức của ISU, Ezio đi đến Masyaf để điều tra thư viện của Altaïr. Tuy nhiên, các Templar đã ở đó, thu thập chìa khóa để mở khóa nó. Để ngăn chặn họ, các đồng minh của Ezio với các sát thủ Ottoman chống lại các Templar Byzantine ở Constantinople, phá vỡ kế hoạch của họ để hồi sinh Đế quốc Byzantine.
Bên trong thư viện, Ezio tìm thấy hài cốt của Altaïr và một Apple of Eden, dự kiến một thông điệp từ Jupiter ISU về dữ liệu quan trọng đối với hậu tận thế sinh tồn của loài người, được lưu trữ tại Grand Temple. Nhận ra thông điệp này không dành cho anh ta, Ezio rời Apple trong thư viện và nghỉ hưu, chịu thua thương tích từ dịch vụ lâu dài của anh ta đến tình huynh đệ.
Lấy bối cảnh trong thời kỳ Sengoku, Assassin Creed Shadows theo sau một lính đánh thuê châu Phi, bên cạnh một nhà truyền giáo Dòng Tên Công giáo, đến Nhật Bản. Gặp Oda Nobunaga, một Chúa tể mạnh mẽ thống nhất các gia tộc chiến tranh của đất nước, lính đánh thuê trở thành Samurai Yasuke và tham gia vào cuộc xâm lược của tỉnh Iga. Tại đây, anh gặp Naoe, con gái của bậc thầy Shinobi Fujibayashi Nagato. Bất chấp sự phản đối ban đầu của họ, Yasuke và Naoe cuối cùng đã hợp nhất để theo đuổi một mục tiêu chung.
Trong thời kỳ hoàng kim của vi phạm bản quyền, Rogue Edward Kenway thấy mình vướng vào một âm mưu của Templar sau khi giết một kẻ ám sát và thay thế anh ta. Trong một cuộc họp bí mật, Edward biết các Templar đang tìm kiếm Đài quan sát, một thiết bị ISU có khả năng theo dõi bất kỳ ai, với mục đích tống tiền các nhà lãnh đạo thế giới. Chỉ có 'cây xô thơm', tái sinh của ISU Aita, mới có thể mở khóa nó, và các Templars tìm kiếm nhà hiền triết hiện tại, cướp biển Bartholomew Roberts.
Edward nhằm mục đích khai thác Đài quan sát vì lợi nhuận, gia nhập lực lượng với cướp biển để thành lập một nước cộng hòa cướp biển. Cuối cùng, ông đồng minh với Roberts để truy cập vào Đài quan sát, nhưng mục tiêu của họ phân kỳ, dẫn đến sự phản bội. Edward trốn thoát, theo dõi Roberts, lấy lại cổ vật bị đánh cắp và ám sát thủ lĩnh Templar Laureano de Torres y Ayala. Quyết định sự an toàn của thế giới vượt xa lợi ích cá nhân, anh ta niêm phong đồ tạo tác và trở về Anh, sống những ngày của anh ta với gia đình.
Shay Patrick Cormac, được gửi bởi Assassin Brotherhood để lấy một cổ vật ISU từ một ngôi đền Lisbon, vô tình kích hoạt một trận động đất tàn phá thành phố. Guilt-Ridden, Shay khiếm khuyết, đánh cắp bản đồ của các ngôi đền ISU của Brotherhood. Sau khi sống sót sau một vụ ám sát, anh ta gia nhập các Templar ở New York.
Tăng qua hàng ngũ Templar, Shay loại bỏ một số sát thủ và theo dõi người cố vấn cũ của anh ta, Achilles, đến Bắc Cực để ngăn chặn các cuộc khai quật Đền thờ ISU hơn nữa. Bên cạnh Haytham Kenway, con trai của Edward, họ để Achilles còn sống để ngăn chặn những kẻ ám sát. Năm 1776, Shay đề nghị gây ra một cuộc cách mạng ở Pháp để chống lại một cuộc nổi dậy do ám sát ở Mỹ.
Các Templar nhằm mục đích mở khóa Đền thờ lớn của ISU. Haytham Kenway giết chết chìa khóa ở London và hành trình đến các thuộc địa của Mỹ, nơi anh ta không tiếp cận được ngôi đền nhưng phải lòng người phụ nữ Mohawk Kaniehti: Io, cha Ratonhaké: Ton. Sau khi từ bỏ chúng, khu định cư Mohawk bị san bằng, và Kaniehti: Io chết.
Tìm kiếm sự báo thù, Ratonhnhaké: Ton, giờ là Connor Kenway, đào tạo như một sát thủ dưới thời Achilles. Giữa cuộc cách mạng Mỹ, ông nhắm vào các Templar trong lực lượng Anh, cuối cùng đối đầu với Haytham. Tầm nhìn mâu thuẫn của họ dẫn đến việc Connor giết cha mình và chôn cất Key Temple Key, cản trở các Templar.
Song song với hành trình của Connor, Aveline de Grandpré ở New Orleans khám phá một âm mưu của Templar để kiểm soát Louisiana. Cô biết rằng đó là một phần của một âm mưu lớn hơn do 'người đàn ông công ty', người sử dụng nô lệ để khai quật một ngôi đền ISU. Aveline tập hợp ba thành phần tạo thành một thiết bị ISU được gọi là 'Đĩa tiên tri'.
Khám phá mẹ kế của cô là người đàn ông của công ty, Aveline giết cô và kích hoạt đĩa tiên tri, tiết lộ câu chuyện về Eve, nhà lãnh đạo nổi loạn của con người chống lại ISU.
Arno Dorian mồ côi, có cha đã bị Shay Cormac giết chết, được nuôi dưỡng bởi Grand Master Templar Pháp François de la Serre. Đóng khung cho vụ giết người của De La Serre, Arno bị cầm tù và sau đó bị Assassin Brotherhood tuyển dụng để theo dõi kẻ giết người, Templar François-Thomas Germain.
Khi cuộc cách mạng Pháp mở ra, Arno và chị gái của anh ta theo đuổi Germain đến một hầm mộ Templar nơi anh ta cố gắng giết Arno bằng một thanh kiếm của Eden. Thanh kiếm phản tác dụng, giết chết élise và làm bị thương Germain, người tiết lộ anh ta là nhà hiền triết hiện tại. Arno niêm phong hài cốt của Germain trong hầm mộ ở Paris, giữ chúng khỏi Templar.
Vào năm 1868, hai kẻ ám sát Twin Jacob và Evie Frye đến London để tìm Shroud, một thiết bị khác của ISU. Họ phát hiện ra các Templar có quyền kiểm soát thành phố thông qua ngành công nghiệp, chính trị và tội phạm. Trong khi Jacob nhắm vào các nhà lãnh đạo Templar, Evie tìm kiếm Shroud.
Bất chấp những vụ ám sát thành công của Jacob, lãnh đạo Templar Crawford Starrick đánh cắp tấm vải liệm từ bên dưới Cung điện Buckingham. Jacob và Evie giết Starrick và trả lại tấm vải liệm vào hầm của nó, đảm bảo một chiến thắng khác cho các sát thủ. Jacob sau đó dẫn đầu các sát thủ London, trong khi Evie săn lùng Jack the Ripper và huấn luyện con gái cô, Lydia, làm sát thủ. Trong Thế chiến I, Lydia được Winston Churchill giao nhiệm vụ điều tra một cơ sở gián điệp Đức do Templar điều hành, cuối cùng giết chết nhà lãnh đạo của Mạng lưới gián điệp, nhà hiền triết mới nhất.
Trong khi mỗi trò chơi Assassin Creed được đặt trong thời kỳ lịch sử, bộ truyện sử dụng một câu chuyện đóng khung thời hiện đại. Trong quá trình chuyển đổi này, các Templars thành lập các ngành công nghiệp abstergo vào năm 1937, một công ty dược phẩm nhằm kiểm soát thế giới thông qua chủ nghĩa tư bản. Vào cuối những năm 1970, Abstergo phát triển Animus, một cỗ máy thực tế ảo cho phép khám phá các ký ức tổ tiên để kiểm soát tương lai.
Vào năm 2012, nhân viên pha chế Desmond Miles bị bắt cóc bởi abstergo để xác định các cổ vật của ISU thông qua ký ức của tổ tiên Altaïr. Với sự giúp đỡ từ Assassin Mole Lucy Stillman, Desmond trốn thoát và tham gia tình huynh đệ. Khám phá ký ức của Ezio, Desmond biết về một ngày tận thế sắp xảy ra và vị trí của một quả táo của Eden, nhưng Juno, một nhân vật phản diện ISU, sở hữu anh ta, buộc anh ta phải giết Lucy.
Phục hồi sau hôn mê, Desmond sống lại những ký ức cuối cùng của Ezio, khám phá sự tồn tại của ngôi đền lớn. Tại ngôi đền, anh hy sinh bản thân để kích hoạt công nghệ ISU, ngăn chặn ngày tận thế nhưng phát hành Juno.
Sử dụng DNA của Desmond, Abstergo tiếp tục tìm kiếm công nghệ ISU thông qua ký ức của Edward Kenway. Được giao cho nhiệm vụ này, "The Noob" bị thao túng bởi người đứng đầu IT của Abstergo, John Standish, nhà hiền triết thời hiện đại, người có kế hoạch sử dụng NOOB làm chủ nhà cho Juno. Khi Juno chưa sẵn sàng, Standish cố gắng giết noob nhưng bị giết bởi an ninh abstergo.
Để tìm thấy Sage vẫn còn, abstergo phát hành "Helix", cho phép công chúng trải nghiệm những ký ức di truyền. Được hướng dẫn bởi Assassin Bishop, một đồng tu sống lại cuộc sống của Arno, định vị hài cốt của François-Thomas Germain trong hầm mộ Paris, tin rằng an toàn khỏi abstergo.
Năm sau, khởi xướng tìm kiếm Tấm vải liệm ở London thông qua ký ức của Jacob và Evie. Abstergo đánh bại những kẻ ám sát với nó, dự định sử dụng tấm vải liệm để tạo ra một ISU sống. Juno thao túng nhân viên abstergo để phá hoại kế hoạch này.
Nhà nghiên cứu của Abstergo Layla Hassan phát triển một phiên bản Animus mới, khám phá những ký ức trực tiếp từ các mẫu DNA. Ở Ai Cập, cô sử dụng hài cốt của Bayek và Aya để sống lại nguồn gốc của những người ẩn giấu. Liên lạc với William Miles, Layla tham gia Assassin Brotherhood.
Sử dụng DNA từ ngọn giáo của Leonidas, Layla làm sống lại ký ức của Kassandra, tìm kiếm Atlantis. Kassandra, còn sống do các nhân viên của Hermes, cho thấy vai trò của Layla trong việc cân bằng các sát thủ và các nhiệm kỳ. Kassandra chuyển các nhân viên cho Layla và chết, miễn nhiệm nhiệm vụ của mình.
Quan sát các biến động từ trường của Trái đất, Layla và Assassins khám phá ký ức của Eivor, khám phá máy tính Yggdrasil ở Na Uy. Bước vào mô phỏng, Layla gặp biểu hiện của Basim và Desmond, "Người đọc." Từ bỏ hình thức vật lý của mình, Layla làm việc với người đọc để ngăn chặn các ngày tận thế trong tương lai. Basim trốn thoát, tuyên bố các nhân viên của Hermes chứa ý thức của Aletheia và tham gia cùng với các sát thủ để tìm con của Loki.